Es necesario crear una nueva clase Java Main que inicie la aplicación, con el código que se muestra a continuación. Observa que en este ejemplo se ha creado esa clase con el nombre Launcher, pero puedes usar el nombre que desees teniendo en cuenta que luego tendrás que hacer referencia a él.

public class Launcher {

    public static void main(String[] args) {
        App.main(args);
    }
    
}

Añadir el plugin shade en el archivo pom.xml, con la configuración que se indica en el siguiente código. Ten en cuenta que debe ir dentro de la sección <build><plugins>. Observa que se debe indicar el nombre del paquete donde se encuentra la clase Launcher que se ha creado anteriormente:

<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
    <executions>
        <execution>
            <phase>package</phase>
            <goals>
                <goal>shade</goal>
            </goals>
            <configuration>
                <outputFile>shade\${project.artifactId}.jar</outputFile>
                <transformers>
                    <transformer implementation=
                                            "org.apache.maven.plugins.shade.resource.ManifestResourceTransformer">
                        <mainClass>com.mycompany.mavenproject3.Launcher</mainClass>
                    </transformer>
                </transformers>
            </configuration>
        </execution>
    </executions>
</plugin>

Utiliza en NetBeans el botón o la opción de menú: Clean and Build para que se genere el archivo JAR dentro de una carpeta llamada shade en el proyecto (observa que en el código anterior se indica el nombre de la carpeta de destino en el atributo <outputFile>).