Cuando se acaba de crear un nuevo proyecto Android en Eclipse, puedes observar en la parte izquierda un árbol de carpetas y archivos que forman parte del proyecto. Esa ventana de Eclipse se denomina Package Explorer. Si no puedes ver esa ventana, puedes abrirla desde el menú Window > Show View > Package Explorer.

Ahí puede encontrar los siguientes archivos y carpetas, que se corresponden con el contenido de la carpeta en la que has creado el proyecto, que puedes ver desde el Explorador de Archivos de Windows.

El contenido de cada una de esas carpetas y archivos es el siguiente:

• Carpeta src: Contiene los archivos de código fuente (.java) que debes ir creando para dirigir el funcionamiento de la aplicación. Se organiza en paquetes de igual manera que las aplicaciones Java, e inicialmente puedes encontrar en ella el archivo correspondiente al código fuente de la Activity que se ha creado al generar el proyecto.
• Carpeta gen: Contiene los archivos Java generados automáticamente por el plugin ADT, como por ejemplo el archivo R.java. Los archivos contenidos en esta carpeta no debes ser modificados manualmente.
• Librerías Android: Aparecerán las librerías de Android correspondientes a la versión para la que se va a desarrollar la aplicación.
• Carpeta assets: Inicialmente está vacía, y en ella podrás almacenar archivos de datos que podrán ser únicamente leídos desde la aplicación. No podrás modificar el contenido de dichos archivos durante la ejecución de la aplicación, ya que una vez compilada y empaquetada la aplicación se encontrarán dentro del paquete apk.
• Carpeta bin: Almacena los archivos resultantes de la compilación de la aplicación. En ella encontrarás el archivo .apk final y otros recursos compilados.
• Carpeta libs: Contiene librerías privadas. En ella puedes encontrar inicialmente las librerías de soporte (support libraries) que permiten usar funciones de APIs que no están disponibles en versiones API anteriores.
• Carpeta res: Es la carpeta de recursos de la aplicación. En ella se mantendrán una serie de archivos en formato XML con los datos referentes a los recursos usados por la aplicación. Por ejemplo, cadenas de texto (Strings), dimensiones, colores, menús, elementos contenidos en las ventanas (layouts), etc. Además almacenará las imágenes que usará la aplicación. Esta carpeta se organiza en subcarpetas en función del contenido que almacena cada una, y a su vez se crearán dentro de ellas otras subcarpetas según el idioma, tamaño de la pantalla, y otras características. De esa manera se podrás utilizar distintos valores y elementos en función de las características del dispositivo en el que se esté ejecutando la aplicación.
• Archivo AndroidManifest.xml: Es un archivos de control que contiene información sobre las características generales de la aplicación y sus componentes. Por ejemplo, describe algunas características sobre las activities, services, intent receivers, y content providers que va a utilizar la aplicación; los permisos que requiere la aplicación; las librerías externas que va a necesitar; las características requeridas para los dispositivos; los niveles de la API que se soportan o son requeridos; y otros.
• Archivo icono de la aplicación: Se mantiene en la carpeta principal del proyecto una versión del icono que se haya creado para la aplicación, aunque el icono que utilice la aplicación durante su funcionamiento se encuentra en la carpeta de recursos.
• Archivos de propiedades del proyecto: Almacenan información generada automáticamente por Eclipse con información sobre el proyecto.